عرفان از منظر امام، شناختی است به حضرت حق و اسما و صفات او، و فانی ساختنِ انیّت خویش در حقیقت مطلق و نهایتاً به بقا و جاودانگی رسیدن؛ و باز بر این باورند که چنین معرفتی بدون خودسازی و تهذیب نفس حاصل نمی شود. بنابراین، عرفان به دو شاخۀ عملی و نظری تقسیم می گردد که هر یک مکمل یکدیگرند.[1] در مکتب امام، عرفان عملی و نظری سخت به هم آمیخته اند. ایشان معتقدند «اندیشه و معرفت» بدون ظهور در اعمال و «عمل» بدون آراستگی به «معرفت و آگاهی» انسان را به حقیقت مطلق رهنمون نمی سازد. امام راه رسیدن به حقایق عالم هستی و تکامل و سعادت انسان را در زدودن رذایل اخلاقی و ملکه ساختن فضایل و مکرمتهای اخلاقی[2] ذکر می کنند و معتقدند در اثر تزکیه، تهذیب نفس، ذکر مدام که ثمرۀ عرفان عملی است، دریچۀ معرفت به ساحت غیب، به روی انسان گشوده می شود و انسان در همین عالم طبیعت به کمال خود می رسد. از این رو می توان عرفان امام را عرفانی مثبت و پویا دانست که از انسان خاکی و ناسوتی، موجودی آسمانی و لاهوتی می سازد و به انسان نوید می دهد که در اثر تلاش و کوشش می تواند به کمال انسانی خویش راه یافته، و به دیدار محبوب آرمانی خود نایل گردد. از این رو عارف، در مکتب امام مجاهدی است نستوه و تلاشگری است شجاع، که برای ساختن دنیایی سالم برای انسانها کوشش می کند، زیرا دنیا را مزرعۀ آخرت می داند.[3] از این رو در پی ساختن نظامی برمی آید که معنویت و عشق به حق، زیربنای آن باشد. در ادبیات عرفانی ما، گاه تصوّف به انزواطلبی و گریز از دنیا کشیده شده، و عده ای با یدک کشیدن نام صوفی و عارف، به راحت طلبی و لاابالیگری پرداخته اند؛ اما از منظر امام، چنین حالتی منحرف شدن از جادۀ حقیقت است. بنابراین، می توان امام را مبارز و معارضی جدی با چنین تفکری که عرفان و زهدورزی را انگیزه ای برای عدم توجه به بهتر ساختن دنیای خود و دیگران می دانند، معرفی کرد. ایشان به صراحت به کسانی که انزواطلبی و عزلت گزینی و حتی عبادت خداوند را مستمسکی برای عدم توجه و خدمت به انسانها قرار داده اند، سخت می تازند. شاهد مدعای ما اعمال و رفتار خود ایشان است. او در حالی که در حوزه های فقه، اصول، فلسفه، اخلاق، درسی پررونق با شاگردانی چشمگیر و تیزهوش داشت. و عابد و زاهدی بود که به موازین شریعت و آداب ظاهری آن سخت ملتزم بود و از تهجد و ذکر و تهذیب نفس لحظه ای غفلت نداشت. وقتی مشاهده کرد که احکام نورانی اسلام توسط حاکمان کشورش به فراموشی سپرده می شود و شرف و آزادگی و استقلال مردم ایران به مخاطره افتاده است، علم و جهاد را به هم آمیخت و به دفاع از مظلومین کشور و اعتلای مکتبش قیام کرد. گرچه به خوبی می دانست که این عمل او، به تعطیل شدن درس و بحث او و سپری کردن عمر خود در زندان و یا تبعید خواهد انجامید.